In den sanierten und umgebauten historischen Altbauten, wurden drei Dauerausstellungen neugestaltet: das „Mainpanorama“ im Rententurm, die „Staufferzeit“ im Untergeschoss des Staufferbaus und das Sammler- und Stiftermuseum. 12 Sammler und Stifter werden hier mit ihren Sammlungen präsentiert. Eine Herausforderung war dabei, die Atmosphäre historischen Ausstellungsräume zu erhalten und die grossen Objektkonvolute spannend zu inszenieren. Für Kinder und Eltern wurde eine eigene Spur entwickelt. Multimediale Installationen vermitteln sinnlich die Geschichte, Medienstationen bieten vertiefende Informationen zu den Sammlungen und zur Forschung.